BBPBPTH merupakan struktur organisasi baru yang terbentuk sejak dikeluarkannya Peraturan Menteri Kehutanan Nomor : P. 38/Menhut-II/2006 tanggal 2 Juni 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Kehutanan. Sejalan dengan Permenhut tersebut, BBPBPTH mempunyai tugas melaksanakan penelitian di bidang bioteknologi dan pemuliaan tanaman hutan berdasarkan kebijakan yang ditetapkan oleh Kepala Badan Litbang Kehutanan. Pelaksanaan kegiatan yang berkaitan dengan kegiatan penelitian tetap dilanjutkan berdasarkan visi dan misi yang telah ditetapkan dalam Renstra tahun 2003-2009, sedangkan untuk kegiatan non penelitian melakukan kegiatan yang menyangkut kinerja BBPBPTH terdiri dari penyelenggaraan program anggaran, kerjasama penelitian, pelayanan teknis kepada pengguna dan pemangku kepentingan, serta kegiatan evaluasi dan pelaporan.

Dalam melaksanakan tugas pokok tersebut, BBPBPTH menyelenggarakan fungsi penyusunan rencana program kerja dan anggaran penelitian bidang bioteknologi dan pemuliaan tanaman hutan, pelaksanaan kerjasama penelitian dibidang bioteknologi dan pemuliaan tanaman hutan, pelaksanaan penelitian dibidang bioteknologi dan pemuliaan tanaman hutan, pemberian pelayanan informasi ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK) hasil-hasil penelitian serta layanan penelitian dibidang bioteknologi dan pemuliaan tanaman hutan, pelaksanaan pengelolaan sarana prasarana penelitian dibidang bioteknologi dan pemuliaan tanaman hutan, pelaksanaan pengelolaan kawasan hutan dengan tujuan khusus, pelaksanaan Evaluasi dan Pelaporan, serta pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga Balai Besar.